嵌入式Linux與WinCE相比具有以下優點：
1、Linux是開放源代碼的，開發自由度極高；而WinCE則是非開放性OS，實現第三方產品定制成本較高。
2、Linux的內核相對較小、效率較高；而WinCE的系統較為臃腫，占用過多的RAM，應用程序也較為龐大。
3、Linux不僅支持x86芯片，還是一個跨平臺的系統。到目前為止，它可以支持20到30種CPU，采用Linux環境開發產品，幾乎不會遇到更換平臺的困擾。
4、Linux在內核結構的設計中考慮適應系統的可裁減性的要求，Windows CE在內核結構的設計中并末考慮適應系統的高度可裁減性的要求。
嵌入式Linux與WinCE相比具有以下弱點：
1、Linux系統應用軟件開發難度較高，需要很高的技術實力；WinCE平臺上可以使用微軟大部分編程工具，如Visual Basic、Visual C++等，而由于微軟編程工具的普及程度極高，使絕大多數的應用軟件只需簡單的修改和移植就可以在WinCE平臺上繼續使用。
2、Linux核心調試工具不全，調試不太方便，尚沒有很好的用戶圖形界面；而WinCE則繼承了傳統的Windows圖形界面，實現HMI十分簡便。
3、簡化后的Linux雖然占用較小的內存，但其穩定性相對與WinCE還是有一定差距。
4、部分Linux的應用程序需要虛擬內存，而嵌入式系統中并沒有或不需要虛擬內存，因此并非所有的Linux應用程序都可以在嵌入式系統中運行。
文章來源：北京雅士林試驗設備有限公司